С началом Великой Отечественной войны вся гидрометслужба нашей страны была военизирована и полностью переориентирована на выполнение работ по гидрометеорологическому обеспечению вооруженных сил. На ее базе было создано Главное управление Гидрометслужбы Красной Армии (ГУГМС КА).
Начальником ГУГМС КА был назначен начальник Главного управления Гидрометслужбы СССР (ГУГМС) Евгений Константинович Федоров, который руководил Гидрометслужбой страны в течение всей войны.
На июнь 1941 г. в ГУГМС работало около 30 тысяч сотрудников, функционировало 3947 метеорологических, 190 аэрологических, 240 авиационно-метеорологических станций, 4463 гидрологических станций и постов. В службе действовало научно-техническое издательство, было создано 4 завода по выпуску гидрометеорологических приборов и ряд других организаций.
Личный состав всех видов гидрометеорологических подразделений во время войны был переведен на военное или полувоенное положение. Это обеспечило четкую работу гидрометеорологических станций и постов, производственных учреждений и служб, учебных заведений и позволило сохранить уникальные кадры специалистов Гидрометслужбы.
Большая часть сотрудников институтов была эвакуирована. Так, сотрудники Главной геофизической обсерватории (ГГО) и Государственного гидрологического института (ГГИ) были перевезены из Ленинграда в Свердловск. Часть сотрудников ГГИ была эвакуирована в Архангельск и Мурманск. Из Москвы в Свердловск была вывезена часть сотрудников Центрального института погоды (ЦИП). На базе эвакуированных подразделений в августе 1941 года в Свердловске был создан Институт гидрометеорологии Красной Армии. В то же время в Ленинграде действовало оперативное подразделение ЦИП.
В новых условиях на ГУГМС КА были возложены следующие функции:
1) обслуживание командования частей Народного комиссариата обороны и Народного комиссариата Военно-Морского Флота метеорологическими прогнозами, информацией, сводками, описаниями;
2) техническое руководство всеми органами Гидрометеорологической службы Красной Армии и Военно-Морского Флота;
3) укомплектование органов Гидрометслужбы Красной Армии специалистами всех уровней и снабжение их всеми специальными приборами и пособиями;
4) развертывание гидрометеорологической службы на территории военных действий.
До 22 июня 1941 года в Центральный Институт Погоды стекались сведения о погоде со всех советских и многочисленных зарубежных метеостанций. Но с первого же дня войны уже не было единой «мировой» погоды. Воюющие стороны засекретили свои метеосводки, идущие в эфир. Для этого применялся свой собственный метеорологический шифр. При малейшем подозрении, что цифры перехватываются и расшифровываются противником, код немедленно менялся. Метеоданные сделались подлинной военной тайной. Синоптическая карта сделалась своеобразным зеркалом, отражавшим ситуацию на линии фронта. По мере отступления наших войск вместе с оставленными городами закрывались бесценные для синоптика точки. Приходилось работать с неполными картами, на которых целые страны выглядели белыми пятнами.
Среди партизан, действовавших в Белоруссии и на Смоленщине, находились люди, знакомые с методикой метеорологических наблюдений, умеющие работать с приборами. Они становились добровольными метеорологами-наблюдателями. Добытые ими сведения о погоде поступали в Центральный штаб партизанского движения в Москве, а отсюда в ЦИП.
Аавиация больше других родов войск ощущала отсутствие гидрометинформации за линией фронта. По этой причине организация разведки погоды за линией фронта с участием метеорологов стала одной из решающих форм работы метеослужбы ВВС. За годы войны советские ВВС произвели около 4 миллионов вылетов, за каждым из которых стоял труд военных метеорологов, обеспечивающих полеты.
Эффективное применение нашли созданные гидрологами и климатологами гидрометеорологические описания и справочники по районам боевых действий; новые методы прогнозов уровня рек в качестве водных заграждений и переправ. Правильная оценка и прогноз гидрометеорологических условий способствовали важным военным операциям с начала войны.
Прогноз о нелетной для немецкой авиации погоде дал возможность беспрепятственного проведения парада на Красной площади 7 ноября 1941 г.
Использование знаний проходимости снежного покрова для танков в период обороны Москвы позволили определить сроки начала контрнаступления в ноябре-декабре 1941 г.
Использование прогноза резкого похолодания и прекращения распутицы в ноябре -декабре 1941 г. дало начало успешному контрнаступлению войск Южного Фронта.
Осуществление взлома льда искусcтвенным паводком на канале им. Москвы, превратившего его в серьезную водную преграду, позволило остановить немецкое наступление севернее Москвы.
Точные прогнозы погоды сыграли существенную роль в планировании боевых операций при форсировании Днепра летом и осенью 1943 г.; в наступательных операциях Волховского, Северо-Западного и Калининского фронтов зимой 1942 года; при обороне Сталинграда и разгроме немецкой группировки войск зимой 1942-43 гг. Учет проходимости для танков замерзших болот и ледяного покрова рек под Тихвином, Ржевом, Вязьмой, Тверью в январе-феврале 1942 г. позволил назначить контрнаступление на сроки ожидаемого по прогнозу улучшения погоды.
Несмотря на тяжелые условия, специалисты Гидрометслужбы продолжали разработку методических пособий, поддержку работы сети метеорологических станций в прифронтовой полосе. За годы войны большая группа специалистов ГУГМС КА за образцовое выполнение заданий Красной Армии была награждена орденами и медалями.
Из войны Гидрометслужба вышла с богатым опытом работы по гидрометеорологическому обслуживанию как боевых действий, так и отраслей народного хозяйства. С окончанием Великой Отечественной войны служба вернулась к выполнению своих прямых обязанностей, создав к этому времени прекрасно организованную и оснащенную Гидрометеорологическую службу Вооруженных Сил. В то время сеть станций на оккупированной территории была разрушена и разграблена. Но одновременно с наступлением наших войск и освобождением захваченных территорий эта сеть восстанавливалась. В результате уже в 1946 г. сеть наблюдений насчитывала 9532 станций и постов.
Пресс-служба Росгидромета